Iekšējās drošības fonda mērķi ir novērst noziegumus un apkarot pārrobežu un smagus noziegumus, un organizēto noziedzību, pastiprināt koordināciju un sadarbību starp dalībvalstu tiesībaizsardzības iestādēm un citām valsts iestādēm, palielināt dalībvalstu un ES spēju efektīvi pārvaldīt ar drošību saistītus riskus un krīzes, kā arī atvieglot likumīgu ceļošanu, nodrošinot vienotu un augsta līmeņa ārējo robežu kontroli un efektīvu Šengenas vīzu apstrādi.