2008.gada 1.martā tika izveidota atsevišķa Valsts robežsardzes struktūrvienība - Valsts robežsardzes Aviācijas pārvalde.
Valsts robežsardzes Aviācijas un speciālo operāciju pārvaldi ir vadījuši:
- Kopš Valsts robežsardzes Aviācijas pārvaldes izveidošanas līdz 2019. gada 3. martam un no 2020. gada 2. janvāra līdz 2022. gada 20. novembrim pārvaldes priekšnieks bija pulkvedis Aleksandrs Šukšins.
- No 2019. gada 4. marta līdz 2020. gada 1. janvārim pārvaldes priekšnieks bija pulkvežleitnants Ivans Ivanovs.
- No 2022. gada 21.novembra līdz 2025. gada 31.oktobrim pārvaldes priekšnieks bija pulkvedis Andrejs Kasatkins.
- No 2025. gada 1. novembra Aviācijas un speciālo operāciju pārvaldi vada pulkvedis Raimonds Kublickis.
No 2009.gada Valsts robežsardzes Aviācijas pārvaldei ir savs karogs - Valsts robežsardzes Aviācijas pārvaldes vienotības simbols ar devīzi:
„PAR LATVIJAS DEBESĪM UN ZEMI", kura mets apstiprināts Latvijas valsts Heraldikas komisijā.
2009.gada 6.martā Valsts robežsardzes Aviācijas pārvaldes karogs iesvētīts Ludzas Romas katoļu baznīcā.
Valsts robežsardzes Aviācijas pārvalde izvietota „Jaunsmilgās", Runtortā, Isnaudas pagastā, Ludzas novadā, Valsts robežsardzes aviācijas atbalsta punkts lidostā „Ventspils".