2008.gada 1.martā tika izveidota atsevišķa Valsts robežsardzes struktūrvienība - Valsts robežsardzes Aviācijas pārvalde.
Kopš Valsts robežsardzes Aviācijas pārvaldes izveidošanas to vada pulkvedis Aleksandrs Šukšins.
No 2009.gada Valsts robežsardzes Aviācijas pārvaldei ir savs karogs - Valsts robežsardzes Aviācijas pārvaldes vienotības simbols ar devīzi:
„PAR LATVIJAS DEBESĪM UN ZEMI",
kura mets apstiprināts Latvijas valsts Heraldikas komisijā.
2009.gada 6.martā Valsts robežsardzes Aviācijas pārvaldes karogs iesvētīts Ludzas Romas katoļu baznīcā.
Valsts robežsardzes Aviācijas pārvalde izvietota „Jaunsmilgās", Runtortā, Isnaudas pagastā, Ludzas novadā, Valsts robežsardzes aviācijas atbalsta punkts lidostā „Ventspils".